钦差大臣离开后，林云并未有丝毫的松懈，他深知虽然此次危机暂时解除，但真正的斗争还未结束。
与此同时，那位京城的官员得知自己的阴谋未能得逞，恼羞成怒，再次指使手下的人在林云的县城制造混乱。一些不法之徒在集市上故意挑起事端，打架斗殴，扰乱市场秩序；还有人在夜间放火烧毁农田里的庄稼，让百姓们遭受巨大的损失。
林云得知这些情况后，怒不可遏：“这些人简直无法无天，必须严惩！” 他立即召集县衙的官兵，展开全面的调查和追捕。
经过一番追查，林云终于锁定了几个带头闹事的不法分子，并将他们抓捕归案。在审讯室里，这些人起初还嘴硬，不肯交代背后的主使。
“大人，小的们只是一时糊涂，求大人饶命啊！”
林云拍案而起：“一时糊涂？你们的所作所为分明是受人指使，若不从实招来，定不轻饶！”
在林云的威严之下，其中一人终于心理防线崩溃，交代了是受京城那位官员的手下指使。林云掌握了确凿的证据后，决定不再容忍。
他一方面将这些不法分子依法严惩，公开示众，以儆效尤；另一方面，他决定直接向京城的那位官员发起挑战。林云写了一封言辞激烈的奏折，详细陈述了这位官员的种种罪行以及对县城造成的危害，派人快马加鞭送往京城。
奏折送到京城后，引起了朝廷的震动。一些正直的大臣纷纷站出来支持林云，要求彻查此事。皇帝也对这位官员的行为感到愤怒，下令成立专门的调查组。
调查组在林云的协助下，深入调查，掌握了大量的证据。最终，那位京城的官员被绳之以法，其党羽也受到了应有的惩处。
而在林云的县城，那些曾经与这位官员勾结的乡绅们得知消息后，吓得惶惶不可终日。林云决定趁此机会，彻底清理这些乡绅势力。
他再次召集全县百姓，在县衙前的广场上宣布：“乡亲们，那些妄图破坏我们美好生活的恶势力已经受到了惩罚。但还有一些乡绅，平日里为非作歹，欺压百姓，如今也要一并清算！”
百姓们欢呼雀跃，纷纷支持林云的决定。
林云随即派出官兵，对那些作恶多端的乡绅进行抓捕。在证据面前，这些乡绅无从抵赖，纷纷认罪。
对于情节较轻的乡绅，林云责令他们悔改，归还非法所得，并为百姓做一定的公益服务；对于情节严重、不知悔改的乡绅，林云则依法严惩，绝不姑息。
经过这一系列的行动，县城的恶势力被彻底清除，社会秩序恢复了正常。百姓们对林云更加敬佩和拥护，农业改革也得以更加顺利地推进。
林云站在县衙的屋顶上，望着县城的繁荣景象，心中感慨万千。他知道，这只是一个新的开始，未来还有更多的挑战等待着他，但只要有百姓的支持，他就有信心让这个县城变得更加美好。