在研究神学，但这样也并不准确，他同当时很多杰出科学家一样，属于在教会眼中比较异端的炼金术士，他所在的英国皇家学会就是一个炼金术士云集的学院组织，而他本人是第十二任会长。
当时的炼金术是正经科学，许多炼金术士都在追求终极产物：哲人石，或称贤者之石、魔法石，牛顿爵士也不例外，他甚至还翻译了当时欧洲神秘主义的源头：《翠玉录》，将拉丁语版本翻译成了英文版。而他提出的牛顿第三定律与万有引力定律其实也是解释了《翠玉录》中“下如同上，上如同下；依此成太一的奇迹。”，打破当时基督教认为天上世界亘古不变，运动不息，地上世界瞬息万变，终有结局的教条。
因此，牛顿爵士的过错不在于他对神秘主义的驯服，而在他生错了年代，始终没能突破时代束缚，将科学发展下去，而是一心扑在炼金术里，在碌碌无为中渡过晚年。