牧远联合安室透、怪盗基德、京极真一起，设计在琴酒与走私军火公司社长交易时实施抓捕。
伏特加再遭基德黑手，京极真假扮成走私公司社长，琴酒陷入绝境。
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贝尔摩德趁牧远对琴酒动手，组织实验室监察松懈之际对宫野志保动手，给她喂下了宫野爱莲娜制作的毒药（aptx-4869前身），准备利用易容术，凭借宫野志保的指纹和虹膜潜入组织实验室，销毁aptx-4869的相关研究资料。
千钧一发之际，收到宫野志保催促短信的毛利兰赶到。
贝尔摩德不忍心伤害毛利兰，用出了人体描边枪法，放任两人逃入了海水中。
警方即将抵达，贝尔摩德变装成一位交番的巡查警员离去。
水中，吃下毒药的宫野志保即将窒息，善良的毛利兰毫不犹豫地将自己肺里的空气度给了宫野志保，并亲眼见证了宫野志保变小，灰原哀的诞生。
救命之恩让宫野志保对毛利兰大为改观，甚至暗中将毛利兰与自己的姐姐宫野明美做过比较。
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另一边，热带乐园中，柯南本已逃脱了变小的命运，但由于怀疑牧远对毛利兰有意思、跟踪两人来到热带乐园，从而对牧远展开了反跟踪，被牧远用一记手刀打晕。
琴酒凭借着惊人的直觉与洞察力，感知到了不远处柯南倒下时的动静，柯学时间线再次降临，身为穿越者的牧远因不能良好融入而感觉到了晕车般的眩迷感，昏倒在地。
琴酒喂柯南吃下aptx-4869，时间线闭环。
牧远恢复意识，看到了变小的柯南，终于意识到自己所穿越的世界，就是他前世养肥了好久，本想等点亮心圆后再看的热门动漫——《名侦探柯南》。
柯南剧情正式开始。
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闭合的时间线让柯南世界中的所有人都不会再变老，但牧远除外。
牧远不能确定，这种全世界只有自己会衰老的情况，会不会在他点亮心圆后，对他的心态产生影响，从而导致心圆出现裂痕甚至崩塌，为了以防万一，他选择保护柯南的主线剧情发展，确保在他找不到灰原哀时，灰原哀按照原本剧情自己主动出现。
（牧远对柯南剧情的了解程度，仅仅只是主线的大致方向，以及某几个关键的剧情节点而已。）
因而，牧远化身为面具斗篷人，救下了即将被京极真揍趴下的琴酒。
京极真认出了牧远，并以武道家、真男人的判断方式认可了牧远的气势，判断出牧远一定是有不得不救下琴酒的理由的，并没有加以追问，但出言道：“如果再次遇到琴酒，他是不会手下留情的。”
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各人当前状况：
牧远：决定在确保柯南主线剧情不变的情况下，尝试着在组织内部找到aptx-4869的制作者灰原哀。
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宫野志保：变成了灰原哀，知道牧远和姐姐如果直到了她的情况，一定会竭尽全力的保护她，所以为了保护牧远和姐姐，决定听从阿笠博士的劝告，向两人隐藏自己的身份，并计划着用自己的方式保护两人。
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柯南：听过阿笠博士的简单介绍，推理出了牧远和灰原哀都是组织的人，但并不是敌人，并由于灰原哀不愿意配合他对抗黑衣组织，从而决定继续留在小兰家，通过毛利侦探事务所的信息优势，寻找其他和组织有关的线索。
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毛利兰：知晓了柯南就是变小后的工藤新一，不想新一再像以前一样，做什么危险的事情都瞒着她，从而选择了假装不知情，准备在柯南再要做危险的事情时，保护他或制止他的行为。（认为牧远是一个善良而勇敢的人，对牧远和灰原哀的身世很是同情，在牧远的话和工藤新一遭遇的影响下，决心要成为真正能战胜邪恶的——警察。）
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贝尔摩德：用魏玫寺的身份收养了牧远，渐渐沉溺于母亲的身份中。担心牧远抓捕琴酒的大动作会出问题，选择回到曰本潜伏进迫田家（家主是警视厅的一位高层，警视监。）暗中观察和保护。立场飘忽不定，
利用牧远对琴酒动手，琴酒无暇关注实验室和宫野志保的机会，给宫野志保喂下了宫野艾莲娜研制的毒药，但由于毛利兰的出现而未能得到宫野志保的尸体，进入组织实验室彻底销毁药物研究资料，暂时认为宫野志保已死。
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琴酒：给工藤新一灌下aptx-4869后，由于被带着防毒面具的武道家假扮交易对象埋伏，将注意力放在了自己身份是否暴露，组织是否会派出杀手清除自己上，暂时没有注意到工藤新一的尸体并没有被警方发现。
经过贝尔摩德的提示，将注意力放在了突然失踪的雪莉身上，认为在自己被埋伏和被救的两拨人中，至少有一波和雪莉有关，遂命令伏特加炸毁了实验室，让二泉寺成为组织当前唯一可以让药物研究继续的合适地点，同时防止研究资料外泄。
因为交易任务失败，错失研究用地；以及雪莉失踪的事情，引起了组织二把手朗姆的注意。
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朗姆：将身份尚未泄露给曰本警方的信息告诉了琴酒，并推测出对琴酒动手的人，一定就在组织内部，遂决定亲自出手，提示要执行一个一箭双凋的计划，命令琴酒等待他的到来，配合他的下一步行动。（朗姆的注意力放在了宫野明美的身上，并怀疑通过组织测谎仪的牧远，是否真的不会撒谎。）
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安室透：被宫野明美委托寻找妹妹，发现宫野志保当天并没有返回实验室，随后收到了朗姆索要宫野明美情报的短信，结合从牧远处得到的“琴酒被一位面具斗篷人救走了”的消息，推断