、云南、贵州。
在南京设南京大营，由黄得功担任总督，统兵五万，镇守南直隶、江西、湖北、福建。
在广州设广州大营，统兵三万，由秦良玉任总兵、镇守广东、广西、湖南三省！
令废除九边！
重设大宁都司，由杨国柱担任大明总兵，统兵三万，管辖大宁连同开平一带！
设漠南都司、由尤世禄任漠南总兵，统兵三万，镇守以归化城和会宁城为中心的广大地区。
重设辽东都司，袁可立任总督，洪承畴、曹文诏任总兵，统兵七万，镇守辽东。
设苦兀都司，孙传庭任总兵，镇守苦兀岛和济州岛，统兵两万。
设台湾都司，统兵一万，由孙元化担任总兵！
令设北方水师，由孙国桢任总兵，统兵五万。
设南方水师，由南居益任总兵，统兵五万，郑芝龙、张士起任副总兵。
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