在帝丹小学，江户川 柯南正在上一年级的数学课，这时，他应该在高三的新教室上课了。但他不知道的是，一名新的同学马上就要在日本暂时居住一段时间，她的出现，将会改变整个日本。
翌日，在第一节课前，不少同学开始纷纷议论这个新同学。有人说，她叫秋元夜，像是一个永远都不能冒犯的禁忌。有人说，她是个外国女孩。有人说，她沉鱼落雁，闭月羞花。在一旁的柯南和灰原也起了疑心，却谁都不敢提那个名字—黑衣组织。小林老师来了，大家翘首期待的禁忌女孩出现了。一头黑发，为数不多的黑色双瞳有一种与生俱来的诱惑力。哇，大家都很吃惊，班上竟然出现了那么美丽的女孩子。
“江。。。江户川”灰原哆哆嗦嗦的讲了出来，柯南明白了，又是那个组织，但她也是一样吗？被灌下了那种药吗？还是说，是自己心甘情愿吃下去来找我们的？不，这也不可能。谁会自己心甘情愿吃下APTX-4869？她到底是来干什么的？
“选一个座位吧。”小林老师说。小夜看都没看一眼灰原，只是悄悄在柯南耳边说了一句：“你好啊，工藤新一。”
什，什么，她怎么会知道我是工藤新一，难道说，难道说我是工藤新一的事情已经被那个组织发现了。那灰原，小兰!!!小夜看了一眼柯南，柯南感到背后发凉，但是又不敢再看小夜。
“秋元同学，你确定要坐那么后面吗？可能会看不见哦。”小林老师看到个子不高的小夜想都没想就走到了最后一排，有些担心。
“没事的，小林老师。还有，以后叫我小夜就行。”小夜笑了笑，想要把书包放下。
“小夜，来我这里坐吧！”光彦看到小夜，脸上红了红。把自己旁边的椅子拉开。
“是啊，小……”步美刚刚要说小夜，但是被小夜一个眼神憋了回去。
“行吧，那我座圆谷同学这边吧，以后还请多多指教。”小夜再次背上书包，走到了光彦的座位边。
“欢迎，小夜……”光彦还没有说完，小夜就从书包里拿出一块巧克力，放在光彦的桌肚里。
“这个就算是见面礼了，我也没有准备什么像样的礼物，就送你这个吧。”小夜放在书包，从里面拿出上课要用的书，还有好几本不同语言的课外书，中文的最多。
“谢，谢谢。”光彦现在的脸特别红，心跳的很快。
“小夜，你看那么多书的吗？”元太看见小夜的包里基本上都是书，除了教科书外还有好多其他的。
“哦，我今天凌晨的时候下的飞机，然后吃过早饭就过来了。没怎么睡觉，也没把东西放好。”
“坐飞机吗？小夜你是从哪里飞到日本的？”光彦对他的新同桌特别好奇，尤其是她的书，有好多不是日文的。根本看不懂，一个七岁的小女孩，怎么可能看得懂这些东西？
“我从中国飞过来的。我在中国有养父母，祖母在日本，母亲已经死了，父亲现在人在以色列。”
“啊？没事，我们会一直陪你的，我们可是少年侦探团！”光彦安慰道。
“是啊，秋元同学，你加入少年侦探团吧。”步美鼓起勇气说到，称呼换成了秋元同学，小夜的神情也变了。步美也不知道为什么，好像小夜在针对她一样，但是她又拿不出证据。
“好了，我们现在上课吧。小夜特别聪明，非常擅长数学等学科，以后小夜一定会在这里很开心的学习。”
“对啊，小，小……”每次步美要说小夜的时候，就被小夜身上的气场吓退。
“小夜，你那么聪明的吗？”元太问道。小夜只是淡淡的笑笑，没有说话。
“不过，小夜我还有一个问题。天气也不太冷，你怎么不穿短袖啊？”光彦问道。
“呵，就是以前总是受伤，有些已经痊愈了，有些还没有痊愈，反而加深了。”小夜顿了顿，说到，“好啦，不要说这种事情啦。”小夜突然笑了，光彦被吓了一跳，但是还是不懂小夜的意思。
下课后，柯南想也没想，便跑到了小夜的座位，光彦正在和元太聊天，小夜正在翻她的那本中文书。“你还是来了，日本的救世主—名侦探工藤新一。”小夜凝视着柯南，一双纯黑的眼眸中透露着的是杀人的冷血无情，“你放心好了。”小夜好像知道柯南问的是什么，简单回答到。
“你怎么会知道那是我，还是说，你已经把我是工藤新一的消息告诉他们了！”小夜并没有说话，而是嘴角一扬，笑了。手上拿了她的书就起身而去，没有回头。
柯南向下一看，那是什么？一张纸条，上面写着：今天放学后，带着志保一起，去你家的客厅。我会告诉你一切。条件是让我加入少年侦探团。--秋元夜。
“吉田同学，你过来一下。”小夜看到正在发呆的柯南，就换了一个攻击目标。
“吉田同学，你知道柯南他喜欢干什么吗？”小夜把步美带到了门外，一边看着柯南的动向，一边问道