在小智等人踏上去枯叶市的路途中，突然他们在路上遇见了一只看起来很疲倦的小火龙，小火龙从出生的时候开始尾巴上就有燃烧的火焰，火焰消失就是死亡的时候。
小子决定收服他带去医疗中心，可是小火龙似乎不愿意被人收服，皮卡丘跟小火龙进行了一番交流，大伙才知道这只小火龙已经有主人了，他在等待主人来接他小智等人只好继续前行。
到了神奇宝贝中心，突然下起了大雨，大家开始担心那只走失的小火龙，这时他们听到了一个叫做大佑的人抛弃了小火龙，原来他就是小火龙一直苦苦等待的主人。
小智他们随而跑过去想要教训大佑，刚好乔伊小姐出现并阻止了他们，因为担心小火龙的安危，小智他们冒雨跑去解救他，并将小火龙带进神奇宝贝医疗中心进行治疗，很快乔伊把小火龙伤治好了不过要等到明天他才会醒。
可是到了明天早上，小火龙却突然不见了，原来他又跑回山头去等他的主人了，小智他们很无奈，只好继续自己的旅行了。
在路上小智一行人不小心猜到了火箭队设置的陷阱，皮卡丘想要救小智可是电机却对火箭队无效，皮卡丘着急的四处张望发现林的小火龙也在，小火龙一季喷火把火箭队烧的滋滋冒油，这是刚才的小火龙出现，咬住了喵喵的尾巴不松口。
最后我就对狼狈的逃跑了小智的人出来，这时林默默的小火龙身上突然发起了亮光，小霞说这是要进化了，进化后的小火龙变成了火恐龙，火系宝可梦，这时小火龙的主人出现了，他听说小火龙变强了，想要过来接她回去。
当初因为觉得小火龙很弱就把它扔掉，本来一点都不想来接她，可是看他好像有长进的样子，想要回来这样就可以省下培养他的麻烦，小智他们听到这些话觉得很生气，别让小火龙好好看清他的主人。
这时小火龙的主人大声说回来吧小火龙，小火龙一尾巴甩过去把宝可梦球弹飞了它的主人不可置信的看着宝可梦球朝他飞来，砸到他的脸上他的主人又拿出了一大堆宝可梦球，打算朝小火龙扔去，这是小火龙和皮卡丘一起使出了招数，把他的主人给打跑了。
现在小火龙已经是自由身了，因为小智是守住小火龙尾巴火焰的人，所以小刚把小火龙让给了小智，最终小智收服了宝可梦小火龙。
这时林默默在地上发现了二颗很像当初他看电视的时候看到的进化石，并把它捡了起来，发现真的是二颗进化石，小智的人在原地休息的时候，你默默把进化石但在当初艾岚给他的手串上，并且也给艾岚一颗进化石，艾岚也把进化石安在了和林默默一样的手串上。
休息了一会他们再一次踏上了去枯叶市的道路，去获得枯叶道馆的徽章，小智带上姐姐一起成为宝可梦大师的道路又进了一步。