英国狼狈逃离大陆，法国屈服在德国铁蹄之下让世界震惊，并导致了许多连锁事件发生，苏俄在看到德国的强大实力后首先坐不住了，战前号称拥有欧陆最强陆军的法国轻而易举地被打翻在地让苏俄高层忧心忡忡。
苏芬战争之前被排挤到偏远军区当步兵军长的图哈切夫斯基因为俄军在苏芬战争中的拙劣表现被紧急召回莫斯科，协助俄军进行军改。
同时他们也私下了伪装决定正式吞并波罗的海三国，而在之前互助条约签订后一段时间里，由于西欧战事发展尚不明确，所以苏俄当局采取谨慎观望政策。
苏俄考虑的是英法与波罗的海三国有良好关系，一旦英法顶住德国进攻并恢复上次大战时的状态甚至直接取胜，那么苏俄与德国势力范围划分协议将没有价值，如果以苏德之间的条约侵吞这里可能会导致英法干涉，
为此苏俄当局尽管在波罗的海三国驻军，却严禁干涉波罗的海国家内政，莫洛托夫还致电在三国的的全权代表，说必须禁止同左翼团体一切来往，只能和政府官方团体保持联系，也要求军队在任何情况下不能干涉三国内政。
斯大林亲自指示“关于波罗的海国家未来苏俄化与我们的政策有极大的矛盾，这种挑衅言论会损害苏俄的利益，如果驻军中存在这种言论和情绪的话，就应当彻底清除，今后必须毫不留情的予以制止。”
苏俄小心翼翼地维持着波罗的海的假象，但是当英法自身难保的时候这种假象就没必要维持了，信守互助条约的政策被立刻撕毁，
就在法国投降前夕，苏方声称在立陶宛的驻军中有一名士兵失踪，随后苏俄立刻照会立陶宛政府停止挑衅，否则苏俄将采取特别措施，立陶宛政府为了止息苏联的愤怒，第二天答复要立即进行详细调查，并且成立了调查委员会。
立陶宛为了防止事态发展，一方面表示衷心欢迎莫斯科当局对查明事件提出的一切要求，一方面进行了一系列逮捕，并且加强了对苏军驻地附近居民的监视。
立陶宛总理和外长先后飞赴莫斯科跟苏方谈判，力争能够解决冲突，甚至应莫洛托夫的要求，免除了内政部长和政治警察署署长的职务，表达了解决这一事件的诚意。
但是苏俄根本不理会这样的诚意，直接表示有波罗的海三国缔结军事同盟阴谋反对苏俄的实质性证据，随后要求立陶宛成立新政府，在孤立无援的情况下立陶宛被迫接受一切要求，立陶宛被迫就犯之后，莫斯科当局故技重施向拉脱维亚和爱沙尼亚公使递交声明。
指责两国签署的波罗的海协定，要求两国立即成立新政府，同时限令6个小时作出答复，两国政府势单力薄，在规定时间内接受苏俄提出的条件，原来的政府宣告辞职。
三国这个时候已经失去了一切的独立性，而合并后清洗大功臣叶若夫就被派到了波罗的海，而他遵照斯大林的指示彻底摧毁三国的社会体系。
而解决问题的最佳办法就是把人全部杀了，人死了就没有问题了，于是三国担任过要职的官员，社会精英全部被逮捕随后遭到枪杀，而引人瞩目的官员比如前总统则是被“慷慨地”流放，随后病死途中。
普通人也没能逃过俄国的虐待，他们被强制迁徒以改变边疆地区的人口构成，前后有数万人被送往西伯利亚，无数人在途中遭到杀害。
英美对此极为不满，第一时间扣押了三国在他们银行中的黄金以及港口中的轮船，三国大使馆也被保留。
“我们要求苏俄立即恢复三国的合法地位，并承诺今后不再发生这样的事情，同时允许国际社会调查在当地正在发生的种族灭绝行动。”
这是英国外交部对苏俄驻英大使麦斯基当面提出的要求，而这些不合理的“要求”被苏俄大使全部回绝。
但是英美的强硬最终并没有起到什么效果，因为中国拒绝与他们在这一件事上“联合行动”中国驻美大使回应美国外交部时说道“即使美英两国再强硬也无法改变俄国已经实际上控制波罗的海三国三国的事实，中国也绝不会为了波罗的海三国而冒失地将自己的北方领土至于危险境地。”之后中国更是直接承认了这三国作为加盟国加入苏俄。
赫尔事后在与罗斯福谈论此事时说道“中国显然不会为了波罗的海三国而得罪苏俄，而中国的态度则意味着苏俄得到了整个亚洲的支持，苏俄完全可以不必理会我们与英国的强硬表态，他们在国际上并不像我们想象的那样孤独。”
而从中国对波罗的海三国的态度美国也意识到中国已经得到了一个安全的战略环境，苏俄为了得到中国的支持从而对抗美英，他们对东边边境的和平会投入更多诚意，
这对美国来说现阶段最大的麻烦，中国周边不是他的盟友就是他的朋友，这让中国可以放心大胆地将自己的力量投入欧洲或者放在太平洋，而无论中国选择将自己的力量放在哪都将阻碍美国或者准确的说是罗斯福的计划。
实际上罗斯福已经察觉到中国在尽可能推迟美国介入欧洲