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瞿式耜就是拿住这一条，十月十四日，百官劝进，以广西巡抚瞿式耜和隆武朝两广总督丁魁楚为首，拥立朱由榔上位，朱由榔一个二十出头的小伙子，哪里架得住这么大的阵仗，私底下，朱由榔可是尊称瞿式耜为先生的，还不都是瞿式耜说了算。
当日，朱由榔于广东肇庆府就任监国，颁诏楚、滇、黔、蜀。以总督两广兵部尚书丁魁楚兼东阁大学士，为首辅，督军兵部尚书吕大器、兵部左侍郎瞿式耜各兼东阁大学士，同入直。但监国一开始的人事安排便出现了问题。这就是以丁魁楚为首辅和授太监王坤为司礼监秉笔太监，两人在崇祯朝都声名狼藉，因此巡按御史顾之俊西遁而去，兵部尚书李永茂拒绝入阁，吕大器虽已受命，见丁魁楚为首辅，也非常不满，不辞而行。
此时，清军已占领福建南部之漳州与江西南部之赣州，兵锋逼近广东，司礼监王坤建议应马上移跸梧州，加以躲避，朱由榔不顾瞿式耜等人的反对，在监国六天后的十月二十日就率群臣出奔梧州。