就在朱由检处理涂文辅等人的时候，锦衣卫高层官员，已经奉他的命令进宫，在乾清宫外等候。
朱由检正想把他们召进来，先前被他派出去审问客氏的王文政回来了，带来一个消息，让他勃然大怒：
“‘宫人姙身者八人’，八个怀孕宫女！”
“客氏想做什么？想学李园故事吗？”
“把她立刻处死，儿子侯国兴下狱，家人流放海外。”
想到这件事情，他就有些后怕。幸亏登极后不久就把客氏赶出宫门，否则时间久了，真的可能生乱。
这是能坐实魏忠贤和客氏谋逆的证据，但是朱由检根本不敢公布。
在这个没有亲子鉴定的年代，谁是谁的儿子，几乎全凭话说。新建伯争袭案闹了两年，就是无法确定这一点。
所以朱由检立刻命令王文政收拾首尾，把客氏和八个宫女处理掉。免得事情传出去，民间乱传之下，以后冒出什么“天启遗腹子”，和自己争夺皇位。
还派刘若愚跟随，监视王文政处理这件事。客氏全家也要尽数监禁，确认没有隐患后流放。
对此愤怒之极，朱由检甚至想把给魏忠贤亲族的世职收回来，但是想想宫内宫外不知有多少魏忠贤的党羽，自己想重用的徐应元等人又刚刚被处理。只能把这股愤怒压下去，没有给魏忠贤加罪，免得他的党羽不安。
不过对客氏家人，朱由检就没有客气了。也不给什么世职，直接流放海外。
至于那八个宫女，朱由检也嘱咐王文政从客氏家产中分出专门款项，把她们混在被客氏害死的人之中，每人发一千两补偿。
这一千两银子要存在顺天银行账户上，让她们的家人每月领取一两。这样就能够监视她们家人，避免这些可能知道情况的人走漏风声、以后被人利用。
处理了这件事情，朱由检余怒未消，唤来田尔耕、许显纯等锦衣卫高层，对他们破口大骂。怪这些人没有当好耳目，没发现魏忠贤谋逆。
这些锦衣卫高层感到有些委屈，相比能待在皇帝身边的东厂太监来说，他们很难见到皇帝。又因为受到东厂监督，只能依附东厂。
除了嘉靖朝的陆炳之外，锦衣卫面对东厂的时候基本都在下风。在魏忠贤权倾朝野的时候，完全沦为附庸。
所以对皇帝指责他们不能发现魏忠贤的逆谋，他们根本不接受。毕竟魏忠贤是他们的上司，又是他们沟通皇帝的渠道，他们怎么发现魏忠贤的逆谋、再告发给皇帝？
不过皇帝发怒，他们也只能听着。直到朱由检将火气发出来，才有一位锦衣卫指挥方弘瓒道：
“陛下，前锦衣卫指挥同知、署北镇抚司刘侨，因为不肯杀人媚珰，被魏逆削籍为民。”
“臣请召回此人。”
朱由检发了通火，听到锦衣卫还有这样的人，当即便下令道：
“准了！”
“把刘侨召回来，让他继续掌管北镇抚司。”
“现在的北镇抚司，是谁在掌司事？”
许显纯小心翼翼上前，回道：
“陛下，臣许显纯，天启四年五月掌管北镇抚司。”
朱由检见到许显纯，怒火又升了起来，对这个人尤为愤恨，大骂道：
“亏你还是皇亲国戚，竟然跟魏忠贤谋逆？”
“你是怎么想的，对得起嘉善公主吗？”
许显纯扑通一声跪在地上，辩解道：
“陛下，臣没有跟魏忠贤谋逆。”
“只是听他从宫里传来的命令，审讯他人而已！”
“臣的祖母是公主，怎么会跟着一个太监谋逆呢？”
朱由检怒火未消，责问道：
“那你和田尔耕二人，为何成了魏忠贤的义子？”
“亏伱还是嘉善公主的孙子，竟然认一个太监当义父，也不觉得害臊！”
这话说得太重，还涉及到先人，许显纯只能跪着，向皇帝不住请罪。
田尔耕也急忙跪下，同样向皇帝请罪。
朱由检骂了一通，又让众人检举，把同属“五彪”的提督西司房官旗管事杨寰、锦衣卫堂上佥书理刑孙云鹤、北镇抚司理刑崔应元辨认出来。
这三人除了西司房提督杨寰之外，孙云鹤、崔应元两个理刑本来没有资格前来。但是魏忠贤滥发官阶，给他们加了正一品右都督，此时一并在场。
被朱由检当场命人拿下，等待以后问罪。
三人同样辩解是听宫里旨意，所以不敢违逆。朱由检冷笑反问：
“宫里的旨意？”
“宫里哪条旨意让你们酷刑杀人？”
“给朕拿出来看看！”
这下三人不说话了，还是许显纯机灵，说道：
“是魏逆假传的旨意，先帝一切不知。”
又向皇帝说道：