同时对锦衣卫内部的蛀虫，朱由检也打算清理一遍，罚没一些钱粮。把他们掌控的土地收回来，和收缴的阉党官员土地一起，拨给那些冒滥军校屯田。让锦衣卫自己解决粮食消耗，自己只负责发钱。
这些打算，不用向臣子详说。朱由检接下来道：
“锦衣卫十七千户所的管理，以后由南司房负责。”
“每个千户所设正五品千户一人，从五品副千户两人，正六品百户十人，从六品所镇抚两人。”
“这十五名官员都从金吾卫世官中选取，南司房每五年考察一次，合格的提拔，不合格退回金吾卫。”
锦衣卫众官心中一紧，知道这样一来，锦衣卫相当于完全没有世官。只是官员选拔的范围，限定为有世职的官员。
估计其他的官员，也是这样选拔。
果然，接下来朱由检又说道：
“新设官职的人选，尽量从世官中选取。”
“金吾卫没有人胜任的，再从京卫、北直隶卫所、九边卫所等地方卫所世官选拔，把可靠性放在第一位。”
“在锦衣卫任职的，可以参与锦衣卫事务。不在锦衣卫世职的，不允许他们打探。”
“各司房、各司、各厅都设立办公室独立运转，不允许其他部门随意打探。”
“保密四厅做好锦衣卫内部保密，确保除了锦衣卫指挥之外，其他人无法跨部门打探。”
强调了锦衣卫的纪律，朱由检估算了一下官员数量，说道：
“北司房的官员，控制在一千人以下。”
“南司房的官员，包括十七千户所在内，控制在四百人以下。”
“东司房、西司房的官员，各控制两百人左右。”
“锦衣卫全体官员，不得超过两千人。”
定下官员总数，朱由检又向众人道：
“所有世官的品级作为加衔使用，担任的实际职务降三品。”
“然后在这个初始品级的基础上，根据曾经的功绩，授予更高官职。”
“所有官员宁缺毋滥，除了司和厅至少有一位副职外，其余副职可以暂不任命。”
“接下来，郑士毅、戚昌国、李顺祖、刘侨四位锦衣卫指挥，和秉笔太监王文政一起，对锦衣卫进行审查，确定机构编制，重新任命官职。”
“五人无法确定的地方，上交御前决断。”
郑士毅、戚昌国、李顺祖领命应诺，郑士毅又询问道：
“陛下，如今东司房、北司房、南司房都有提督。”
“西司房提督要不要定下来，方便进行审查。”
朱由检摇了摇头，说道：
“西司房的事情朕另有决断，暂时维持原样，由李顺祖兼管。”
“先在东司房审查出一个大队，帮助朝廷官员抓捕阉党。再把刑狱司和监察司定下来，羁押官员和审查锦衣卫内部人员。然后是南司房、北司房、东司房，最后才是西司房。”
定下调整顺序，朱由检让他们立下考成法，限期完成整编，恢复锦衣卫运转。
他需要一支高效的锦衣卫，搜集大明情报，了解大明现状。
《崇祯长编》：仓场总督苏茂相上言：
臣据主事赵建极查下粮厅册，万历四十八年，锦衣卫官旗等项仅一万七千七百六十余员名。
自逆珰乱政以来，三四年间增至三万六千三百六十余员名，此前增一万八千六百余员名，岁多支米二十二万有奇。
本章完
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