在这个党争过程中，东林党损失惨重。北直隶的**星、孙承宗，南直隶的高攀龙、左光斗、缪昌期、顾大章、孙慎行、钱谦益，浙江的朱国祯、魏大中、黄尊素，江西的邹元标、刘一燝、李邦华，福建的叶向高，河南的乔允升，山东的刘策，山西的韩爌，陕西的冯从吾、王之寀、王图，湖广的周嘉谟、杨涟……
这些人或是被杀、或是问罪、或是革职、或是削籍，直接打断了东林党在各地的发展。把有可能发展出地方支部的东林党，打得七零八落。
而且在阉党塑造的恐怖氛围下，很少有新人加入东林党。可以说东林党的发展势头已经被拦腰截断，再不是以前那个一呼百应、在大明各地都有人附和的东林党。
同时，在这些骨干死亡后，东林党脱胎于朋党、组织不完善的缺点也体现出来。
尤其是顾宪成、高攀龙、叶向高这些东林党核心人员的死亡，让很多通过他们形成的关系，再也形不成体系。东林党已经变得松散，没有人能整合它。
所以朱由检才敢启用东林党人，打算把散乱的东林党成员召回来一些，用以平衡朝局。免得自己留任的阉党在审查结束后重新壮大，没有人制衡他们。
对死人一向很宽容，朱由检在知道王图已经逝世后，当即把被削籍的王图恢复原官致仕，等他的死讯传来，朝廷再加恩恤。
这让东林党的官员都觉得皇帝仁慈，有人尝试着提出，应该把**星起复，或者回京待审。
对**星朱由检就很慎重了，因为这个人称得上东林党的核心人员之一，有可能整合东林党——
甚至可以说，在顾宪成、高攀龙、李三才、叶向高、邹元标这些人都去世后，**星是唯一能整合东林党的人。
刘一燝、韩爌、孙承宗这三位大学士，在东林党的地位，都比不上**星。
朱由检对这样的人，自然很是警惕。
内心不愿起复，朱由检面上却很和蔼。问了一下**星的情况，得知他被遣戍在代州，而且已经七十八岁。
这让朱由检立刻认识到，**星没有多长时间能活了。这样一个老人，不可能在代州撑多久。
为了避免**星在戍所死去，自己被人诟病，朱由检当即下令道：
“**星特赦回京，他的案子要尽快重审。”
“以后七十岁以上的官员，要谨慎遣戍，不能随意发配。”
这些年纪大的官员，到了戍所不可能有力气做事，反而需要人照看，免得突然死去。到了戍所之后，完全就是负担。
所以朱由检下了这个命令，显示自己优待老臣。
群臣齐声称颂，认为皇帝仁慈。
还有些东林党的官员想要皇帝起复周嘉谟等人，朱由检却已经略过这件事，问起了下一个候选人李腾芳。
这个人说是东林党，其实却有自己的李党，和顾天埈的顾党、也就是昆党友善，很多东林党人都不待见他，不愿意推荐这个人。
他们推荐更多的，是性情宽厚的成基命，这个人是叶向高的门生、杨涟的同门，和很多东林党人有关系。
不过成基命以前只是礼部右侍郎，官职有点显低。朱由检把他和张鼐、钱龙锡起复，却没有列入候选人。
在起复东林党人韩爌担任大学士后，这一个新增的内阁大学士，朱由检并不愿意用东林党，更想用个中立派。
但是对东林党的候选人，朱由检明面上也不排斥。询问得知，盛以弘是卫所世官出身，家有潼关卫指挥使世职，朱由检对他很满意，却知道这个人和东林党的牵连并不深，只是在《盗柄东林夥》被列入过一次。
何如宠和盛以弘的情况类似，和东林党的牵连也不深。只是因为他是左光斗的同乡好友，被阉党认为是东林党。
朱由检把这两个人起复，和东林党的李腾芳一起，列为大学士候选人。
然后是薛三省、钱象坤、郑以伟等人，他们可以说是中立派。
薛三省已经七十岁，朱由检把他划了出去，只是遣官慰问，询问他是否愿意入京担任资政大臣。
钱象坤在东林党和阉党之争中并无偏向，曾在天启四年叶向高致仕后有入阁希望，然后被东林党诋毁，只能辞去职位。后来天启六年被廷推为南京礼部尚书，因为不肯依附魏忠贤，被阉党指为缪昌期党，只能落职闲住。
可以说，在东林党和阉党的党争中，根本就没有中立派的生存空间。钱象坤、袁可立、黄克缵等人的遭遇，无不说明了这一点。
至于郑以伟，他是在翰林院养出来的名望、熬出来的资历，做过的事情值得拿出来说的，只有光宗祔庙一事——
当年光宗泰昌皇帝入太庙时，按顺序当祧宪宗成化皇帝。但是有些官员对大礼议的事情还心有不甘，认为世宗嘉靖皇帝的父亲睿宗没当过皇帝，不当入庙，应该把宪宗留着，先把睿宗祧了。郑以伟认为不可，阻止了这