外，还有祖大弼、祖大乐等族人在军中任职，祖大寿的妹夫吴襄，也是他的部下。
可以说，现在的祖家，就是辽东第一将门。虽然不如当年李成梁的李家，却也不容小觑。
祖大寿突然被革职、而且被锦衣卫问罪，自然让祖家人不安，引起一阵动荡。祖家族人亲戚、各种交好的人，都纷纷走动关系，向孙承宗求情。
甚至有很多辽东本土将领，不知是兔死狐悲还是什么原因，同样为祖大寿辩解。
这让孙承宗承担了很大压力，更坚定了迁移辽东将门的心思——
不把这些人迁走，他们在军中的影响力会越来越大，影响朝廷掌控。
现在这些人的影响力还不够，正好适合迁移。等他们影响力大了，那就更麻烦了。
甚至，孙承宗心中还庆幸，皇帝早早发现了这个问题，没有让辽东将门的事情，变得不可收拾：
『再过几年，祖大寿等人升任总兵，事情就不好办了——』
『即使我有尚方剑，也不能随意处置。』
尚方剑的职权是总兵以下不用命者军法从事。
总兵这一级的将领，在没有朝廷命令时，孙承宗是不能随意处置的。
副总兵距离总兵虽然只差一级，却可以用尚方剑处置。
所以孙承宗把祖大寿革职时毫不犹豫，祖大寿也不敢反抗——
真敢对抗的话，孙承宗就可以请出尚方剑，当场把他斩杀。
所以祖大寿只能束手，接受锦衣卫审问。
如果祖大寿升任总兵，那就不一样了。尚方剑无权处置总兵，孙承宗必须把有关他的事情上报给朝廷，由朝廷决定如何处置。那样就会有很多变数，孙承宗在面对祖大寿时会有重重顾忌。
可以说，现在这个时候，就是祖家蜕变的临界点——
一旦祖大寿按功劳升任总兵官，收拾祖家的难度，就会完全不同。
不过朱由检登极后，因为对祖大寿一直怀着疑虑，祖大寿晋升总兵的命令，自然被他被压下。
作为副总兵的祖大寿，可以被孙承宗直接拿下。然后以祖大寿为突破口，从容收拾祖家。
在拿下祖大寿后，孙承宗明显察觉到，辽东本土将士有些军心浮动。所以他很快把自己带来的欠饷，向将士发放下去。
这个行为，很快收伏了他们的心。祖大寿被捕的风波，慢慢平息下来。
至此，孙承宗终于松了一口气，又让张道浚施展手段，逼迫祖大寿同意迁移的事情。向他许诺只要答应迁徙，通虏的事情就不会被追究，会交给朝廷处置。
此时，祖大寿已经回过味来，知道自己是撞在了朝廷整顿辽东将门的枪口上，所以才被追究通虏之事。其中目的，无外乎是逼祖家迁居关内，不再留在宁远。
如此一来，祖家在宁远的影响力，自然会慢慢消退。他这个副总兵以后即使留在辽东，也只是普通的副总兵。不会像以前那样，隐隐是辽东将门第一人。
这让他的心中，自然非常不甘。知道祖家迁移后就是失去根基，丧失如今地位。
但是通虏的罪名压下来，他又能怎么办？
如果朝廷追着这件事不放，他本人可能被问罪不说，整个祖家都有可能受牵连。
所以思来想去，祖大寿同意了迁移之事，告诫探监的祖家族人，配合朝廷命令。
祖家屈服之后，依附他们的吴家等家族，同样开始屈服。迁移辽东将门之事，自此再无阻力。
对于辽东军中的议和派，孙承宗也按皇帝的要求，对他们加以打击。在军中宣扬“驱除鞑虏，恢复辽土”等口号，从思想上根除议和派。
不过因为议和的事情，主导者是袁崇焕。如今袁崇焕不在，这些人无法定罪。再加上孙承宗不想把事情做绝，所以他把沈棨等人和祖大寿一样，交给朝廷处置。
十二月二十五日，这些消息便被送到京城，朱由检终于知道了辽东发生的事情。
收到孙承宗和锦衣卫的奏报，朱由检十分喜悦。祖大寿被轻易拿下，祖家也按朝廷要求迁移关内，说明辽东的局势和他预想的一样，没有到不可收拾的境地。
如今的辽东兵马，仍旧被朝廷掌握。以这支兵马的战斗力，即使其它地方全乱了，也能把天下重新打下来。
历史上，崇祯皇帝数次打败农民军，很大程度上依靠了辽东兵马。
再加上曹文诏、周遇吉、黄得功等人出身辽东的事情，让朱由检认识到当今天下的精兵强将，大多聚集在辽东。所以，他决定加强对辽东兵马的掌控，对配合朝廷政策的祖大寿等人，同样施加恩典：
“通虏议和之事，既是袁崇焕主谋，祖大寿就称不上主犯。”
“如今是用人之际，朕允许他戴罪立功。”
“传旨，让祖大寿率本部兵马去陕西，辅佐陕西巡抚孙传庭组建陕西标营，负