于任事，敢提出裁虚冒、清占役，这让朱由检颇为赞赏，说道：
“李卿在京营上用心了，这个京营护军使，朕看你可以胜任。”
“按护军使推举办法，由朝廷九卿廷推，兼任兵部右侍郎。”
把这个职位从之前需要大臣廷推的侍郎，转为九卿廷推的护军使，以便能更好把控，以后调换人选。
群臣因为专督京营侍郎一直以来的空缺，急着让文官担任此职，所以也没有纠缠这一点。李邦华在袁可立等人推荐下，成为京营护军使。
然后他又提议，请求从户部、兵部、工部各派遣一员主事到京营任职，把钱粮、兵马、器甲的事情，尽皆由文官负责。
朱由检虽然觉得这样或许有好处，却还是毫不犹豫地否决。他不能让京营的权力，完全被六部掌握。
对于失望的李邦华，朱由检安抚道：
“京营护军使可成立护军司，与地方护军府分成三署不同。护军司仿照锦衣卫南司房，设立司务厅、职官厅、后勤厅、装备厅、训练厅，由护军校尉负责，京营护军使直管。”
“以后京营的日常事务、官员升降、编制员额、后勤装备、训练动员，都要经过护军司。”
“各厅负责的护军校尉，和六部相关衙门对接。”
没有使用文官，而是用文职军官替代。
李邦华对于这个变通也能接受，欣喜地接受旨意。下决心要整顿好京营，不负皇帝信任。
兵部的职位任命后，剩下的就是刑工二部。刑部尚书侍郎，没有发生改变。
工部尚书薛凤翔，继续得到留任。署理右侍郎的张文郁，因为建新城的功劳，重新转为实任。
被朱由检属意负责商务司的工部左侍郎，被群臣廷推两广总督商周祚担任。
至此，京城六部的尚书侍郎，终于彻底满员，再也没有空缺。
南京六部尚书，在韩日缵和李长庚被调到京城、黄克缵一再请求致仕的情况下，同样被大规模调换。
黄克缵空出来的南京兵部尚书，被朱由检属意的南京户部尚书崔景荣转任。
崔景荣空出来的南京户部尚书，被群臣廷推应天巡抚、也就是现在的江南巡抚李待问转任。
韩日缵空出来的南京礼部尚书，被群臣廷推曾经担任此职、此时在京城闲住的钱象坤担任。
南京刑部尚书潘浚因病离职，被群臣廷推胡应台接任。胡应台是湖广浏阳军籍进士，曾经担任两广总督、南京刑部尚书，如今被重新起复。
李长庚空出来的南京工部尚书，被群臣廷推南京兵部左侍郎张凤翔担任。他空出来的位子，被群臣廷推原任陕西巡抚、兵部右侍郎孙居相担任。
两人都是属于东林党，他们这种做法，让朱由检心里有些不快，让孙居相仍旧担任右侍郎，没有提升品级。
这样调整下来，南京六部尚书，只有王在晋没变，仍旧是南京吏部尚书。
随后是任期结束、需要调换的督抚。因为陕西戒严，三边总督和延绥巡抚提前就被任命。保定巡抚卢象升、福建巡抚朱一冯，则是确定留任。
两广总督商周祚，被推选为工部左侍郎。他空出来的两广总督一职，在朱由检操纵之下，被群臣廷推原任福建巡抚、打赢澎湖海战的南居益担任。
江南巡抚李待问，被推选为南京户部尚书。他空出来的职位，被群臣推举山东右布政使曹文衡担任。
此人在年初二月选官时，就被朝廷调任江西左布政使。但因为他在山东干得太好，被当地百姓挽留。如今八月选官，被再一次升迁，担任江南巡抚。
云南巡抚谢存仁，因为黔国公沐启元暴卒案，被朱由检认为不称职。在朱燮元的推荐下，朱由检操纵推举，任命袁崇焕担任。
袁崇焕空出来的川贵五省护军使，被九卿推举原任四川巡按、曾经在守卫成都时立功的张论担任。
湖广巡抚一职，被改为两湖总督。之前多次请求回乡养病的闵洪学，也不知是不是适应了湖广的气候，已经不再生病，参与了两湖总督竞聘。
朱由检因为他在湖广这一年干得还算不错，让他转任此职。
新设的湖南巡抚，则被群臣推举原任浙江巡抚王洽担任这又是一位东林党人。
这些都是到期调换的督抚，还有没规定任期、却同样需要更换的。长城督师王象乾，就是其中一例。
此人已经八十三岁，朱由检去年就不怎么愿意起复他。但是因为王象乾和草原上的权贵熟悉，擅长招抚他们，所以起用此人。
如今眼看明年就是己巳年，建虏有可能像历史上那样，越过草原向长城入侵。朱由检当然不能继续留任他，以免误了大事。
这个总督或督师人选，朱由检非常慎重，让袁可立等大臣，推选得力人才。
但是现在的朝廷，实在拿不出符合他需要的统帅人才。袁崇焕、洪