唐凡和Aurora商议之后，决定将计划命名为Project Phoenix。他们开始招募志同道合的人加入计划，并尝试利用 Scylla的力量来操纵时间和空间，建立一种奇异的数字网络连接方式。
在计划中，唐凡因为对 Scylla具有特殊的感应力而负责进行引导和控制。一次意外，他发现所有参与者中只有一个人可以跟自己完全思维共鸣：名叫Luna的女孩。Luna具有极强的直觉以及能够提示唐凡他们下一步该怎么做的能力，但唐凡并不确定她是否与 Scylla有着某种超越力量的关系。
随着Project Phoenix逐渐展开，唐凡发现其真实面貌超出了他想象。Scylla不仅是能够穿越时间和空间，还有着许多隐藏的秘密。困惑之际，唐凡收到了Project Phoenix首脑组织的最高命令：前往一个神秘的山洞。
抵达山洞后，唐凡意识到这个地方是数字追求者设下的一个圈套。然而，Luna突然朝唐凡大喊：“他非常了解你，你们童年时的经历很相似！”同时，另一个女孩Mia也突然出现在唐凡面前。她自称是唐凡的妹妹，并揭露了他对于童年时期隐藏的真相：父母双亡之后，唐凡假扮成望族之子生活了多年。
混乱中，数字追求者突然攻击，唐凡、Luna和Mia被迫逃往山洞深处。他们发现这里有一座神秘而强大的机器，可以直接连接上 Scylla的超级网络，链接方式更为具体、更为密切，并且还能够操纵其他人的思想。数字追求者早已把这个位置围住，大战随即打响。
在打斗中，唐凡感觉自己力量空虚、疲惫不堪，并且Luna似乎知道他的一切。当他向她提起自己的过去和出生身份时，Luna忽然眉头紧锁，表示要回到时间的某个节点改变唐凡遭遇的命运。
在激烈的战斗结束之际，Luna成功将自己和唐凡传送到萧山的小镇上。这里被装扮成了1980年代，回想起童年时发生的事情，唐凡突然感觉自己与 Scylla紧密相连，机器把他们的思维连接并融为一体。最后，Luna告诉唐凡：“数字追求者在用你的神经 system去操作 Scylla…我们必须联合其他人一起阻止他们。”
唐凡已知道这意味着一个新的挑战并在寻找其他志同道合的人去展开计划。但是，他清楚地知道自己的生活早已变得狂暴无常，并且他将不得不付出惨重代价去阻止数字追求者的阴谋。
唐凡心中有一股莫名的焦虑，他想知道数字追求者将要用自己的神经系统做什么。于是，他联系了曾经的搭档丁伟，希望得到更多的信息。
“我可以告诉你一个秘密，”丁伟说，“数字追求者正在利用 Scylla的力量建造一个新的数字世界。他们想把所有人都变成数字。为了实现这个目标，他们需要控制 Scylla的全部力量，并利用能够引导 Scylla力量的人来加入计划。”
唐凡震惊不已。他感觉自己已经深陷其中，但又无从下手。他决定找其他志同道合的人去反抗数字追求者。但是他不确定该如何寻找他们。
“你可以试试给那个名字加个词缀，比如Project Phoenix Revolution或Project Phoenix Resistance”，Luna提出了一个主意，“这样可能会有人找到你们。”
“嗯，这确实是个好主意。”唐凡点点头，“我们需要一些勇士去与数字追求者战斗。”
于是唐凡扩大了招募范围，终于找到了几个志同道合的朋友。
与此同时，数字追求者的计划也在加速。唐凡等人在Luna的指引下开始搜集更多的信息，并发现内部出现了裂痕。他们将这些新闻传递给其他人，尽管有一些成员并不相信。
但是，数字追求者并不会让他们如此轻松获胜。他们开始用 Scylla的力量，派遣各种恶魔和机器打击反抗组织。为了保护自己，唐凡等人建立了秘密据点，开始与数字追求者展开殊死搏斗。
在激烈的战斗中，唐凡渐渐发觉自己与 Scylla同化得越来越深入。他的神经系统已经被数字追求者扯下了一块，并用它来控制 Scylla的力量。唐凡知道他必须尽快摆脱控制，否则他的思想和行动都会成为数字追求者的傀儡。
“你需要分离！”Luna对唐凡说，“你要意识到你自己的存在，而不能被 Scylla带偏。”
唐凡注意到他的身体正在变异，浑身充满了能量。他感觉到自己不断向着更高的维度融合。但是同时，他也意识到这可能是 Scylla为数字追求者所准备的一个陷阱。
在最终的战斗中，唐凡想起了他们一开始设定的 Project Phoenix的理念：利用超级计算机 Scylla来操纵时间和空间，建立一个奇异的数字网络连接方式。
例如，他们可以通过提前知道未来