除了处理策划有关消灭组织的事宜，工藤新一开始大量接手搜查一课甚至是搜查二课的经济案，以及整合卷宗文件的工作。频繁的加班忙碌能缓解内心的失落，可只要他一回到家中，灰原在家时的情形便会不由自主地回想出来，然后失神很长时间。
想起去年就在这个时候在洛杉矶，她正被他妈妈有希子拉着一起烤火鸡做南瓜派，而她偷偷另给自己多烤了几个柠檬馅的，被发现后有希子笑得她脸快红透了。如今回到了他心心念念的东京，情形却天旋地转的倒了过来。
在某一刻他的内心甚至起了疑惑——东京，这座他怀着无限情感的城市，是否真的适合自己。幼年时自己为了兰，没有听从父母的意愿去美国，留了下来。但是在自己围观到Gin交易杀人的鲁莽行径下迎来了自己身体缩小回十年前，相见却不得相认，而他依然选择为了兰留下来战斗。结果却又在当年差点给她和毛利大叔惹来杀身之祸，万不得已还是只得听从FBI的建议去了美国。后来和灰原一起度过了这些年，实话来讲那些日子里他过得还是不错的，和灰原的日常相处中他也早已习惯了这种新的状态，然而在回到这里后又弄成了如今的局面……
有时在忙于案件找寻线索作分析时，他甚至忘了灰原已经离开这件事，而当他又想起来后，心会堵得半天缓不过劲。一个不得不接受的事实是，他发现自己对灰原前些时那刻意或说是无可避免的冷下去的态度已经无法继续维持了，发生了转变，而且是变得比以往相比更加的强烈。那种自我开脱，十分可笑的思念重新回到了他的脑海中。
他会想象着若是没发生这档子事，等自己办完公务回到了家，会有杯热牛奶或是碗荞麦面等着他，然后陪他一起翻阅卷宗，而临睡前的温柔乡里，她也会在认真听完他的推理后一脸无奈地先夸他几句，然后提醒他不要过度劳累。
这种状态是很丢脸的，他相当清楚，更清楚自己其实应该尽快重新跟上以往没有她时的节奏，而且只要他尽力去做，就能做到。但他丝毫没有试着这样做，反而是放任在不断念起她后失落和困苦的心绪肆起。时常他也会想想兰，以此来压制内心因思念她而受的痛苦。和人普通的起居习惯没有两样，习惯了椅凳便很难再适应跪坐，想起腿被压在木板上快要酸麻的滋味便不肯重新回到以前，哪怕他曾这样过了好些年，这都是同样的道理，他没道理虐待自己。这般无赖的自我劝服着，向自己证实他至今仍旧渴望及需要她是情有可原的。
他开始设想等灰原回来恳请他原谅时是先冷战几日，还是为避免她再次负气离去而立马松口。意识到自己竟如此没有原则，工藤新一大为恼火，原本就是灰原的错，为何反而弄成像是自己的责任似的。这个玩戏他又离他而去的女人，八成已经到美国找她的好姐夫赤井秀一去了，好告诉FBI她的阴谋已被他发现，呆不下去且再也骗不了他了。于是工藤新一暗自发誓，除非灰原先低头认错，并保证彻底和FBI断掉联系，否则他绝对不会对她妥协。
然而又过去了数十天，灰原依旧没有回来，也没有任何消息——世良告诉他说灰原并没有去找赤井秀一，从头到尾也没和FBI有任何联系。起先工藤新一只当世良是为了FBI 和她哥哥在骗他，直到他查遍了近期机场的记录，世良也满脸焦急地再三向他保证她没有撒谎时，他才意识到自己之前的推理有重大偏差——Vermouth的话并不完全准确，灰原和FBI 没有任何关系，也就称不上存在充当卧底监视他这回事。突然涉及到了灰原关于他的正向的消息，工藤新一的喜悦与兴奋突然无以言表的激烈澎湃，仿佛他真的仅是因为在乎这个因素才生了她的气。而转念间又化为了忧虑和不安。
他查找米花街区的每一条街道，判断她离去当天可能会入住的酒店，去过的店铺，找寻所有她可能遗留下来的痕迹，终于发现了她最后到过的门店。果不其然，店员先是矢口否认，接着在他的再三询问下还是支支吾吾的说出是有些行李被一个女人寄存在店里，但是物主却没有如期取回，他们便自行对行李中的物品进行了交易处理。发现她不是使用的真名，他一点也不意外。一些值钱的物品，像他给买的首饰、名包等已经流通到了中古市场，只剩下一些平常的衣物和证件。于是这些东西就这样回到了他的手里。
灰原什么都没打算带走，还使用假名，她不仅没有去美国，甚至可能都没有离开东京。这些情况再次超出了他的预想。那么她为何要这么做？究竟又去了哪儿？他却推断不出，不知为何他就是无法准确的推测到她真实的意图，然而也再找不到有效的线索了。
时间一天天过去，彻底消灭组织在即，工藤新一只得将主要心力先放回组织上。詹姆斯·布莱克和赤井秀一终于从美国回来了，还有很多其他的FBI，作为这次消灭组织的行动队。朱蒂也在这次的任务中一起过来了。当赤井秀一无可奈何又愤怒地骂他“你一意孤行，难受的还在后面”时，他知道自己成功了，而当被问及和灰原的事时，气氛无比糟糕。赤井秀一瞪着眼警告他如果灰原