哥斯拉出现的消息，很快就传到了军方和芹泽教授的耳朵里。
军方马上出动了战斗机，前往哥斯拉的位置跟踪调查。
战斗机在卫星地图上标注了哥斯拉的行动轨迹，经过线路对比后，芹泽教授发现，哥斯拉前进的方向，就是穆托所在的方向。
而且在哥斯拉和穆托二者的中间，是霓虹省内最大的核电站。
发现了这点后，芹泽教授大胆推测，穆托的目标并不是京都东市，而是这座核电站。
而哥斯拉则是冲着穆托来的。
芹泽教授这些年来也一直在研究穆托的蛹，但他研究的方向是放射性元素对穆托的影响。
他知道穆托很喜欢放射性元素，并且对于高能辐射有着很强烈的反应。
而在刚才穆托吞食核废料的行为来看，它的能量来源就是核辐射。
所以，它的目标应该就是核电站，那里存放着大量的放射性元素，对于穆托而言，无疑是一顿美味的大餐。
至于哥斯拉，它的目标显然是穆托本身。
穆托的蛹是在群岛省的那座地窟中发现的，一同被发现的还有一副哥斯拉的骨架化石。
被发现时，穆托蛹是附着在哥斯拉的骨架上的，所以他才由此推断出穆托和哥斯拉宿敌的关系。
从张龙处得知了渡边雄暗中向海中排放穆托卵液的情况后，芹泽教授断定，哥斯拉的出现，是为了杀死处于幼年的穆托。
芹泽教授找到军方领导，借用军用三维地形投影仪器，调出了核电站周边的三维地图。
他发现，核电站的四周环山，恰好位于山谷盆地中。
他当即向军方领导建议，提前在核电站内和四周山顶设置微型核弹，等哥斯拉和穆托在核电站碰面后，引爆微型核弹，用山石将哥斯拉和穆托掩埋，争取出足够的时间，来让他开发用于针对哥斯拉和穆托的凝血剂。
但军方领导却表示时间已经不够了，只能用中大型核弹一举消灭哥斯拉和穆托。
军方领导的估算没错，半个小时不到的时间里，穆托就已经抵达了核电站。
核电站中的工作人员关停了核反应堆，撤离了核电站，然后眼睁睁的看着穆托从天而降，摧毁了核电机组，把里面的燃料棒掏了出来，像嗑瓜子似的大口吞吃着。
随着燃料棒进肚，它的腹部和躯干部位也发出了褐黄色的光芒，身躯在迅速生长。
军队已经赶到，并且集结在了核电站二十公里外的地方，远程监测着。
调遣的核弹还没有运来，哥斯拉也还没有赶到，军方领导决定暂时远程观测，静观其变。
就在此时，雷达监测到了飞行物的数据，但却不是从内陆飞来的，而是从海洋的方向。
飞行物的速度很快，没一会儿，就能看到它的轮廓了。
那赫然是一只和穆托一模一样，但体型却大了好几倍的大号穆托！
芹泽教授想起了当时发现穆托时，一同发现的破损蛹壳。
原来当初那个蛹并不是破损了，而是孵化了么？
两头穆托碰面，开始亲昵互动起来，一起吞吃了核燃料，然后开始了交配。
芹泽教授这才发现，原来小穆托是雄性，而大穆托则是雌性。
看着两头穆托的现场直播，芹泽教授很是焦急。
如果任由穆托繁衍，将会是全人类的灾难！
但军方领导却并不着急，反正已经决定要用核弹炸了，一头也是炸，两头也是炸，没什么区别。
就在这时，哥斯拉赶到了！
仇人相见，分外眼红。
被打扰了好事，两头穆托一拥而上，就对哥斯拉发起了进攻。
三头巨兽开启了一番混战，整个核电站已经被夷为平地。
虽然是二打一，可哥斯拉却并没有落下风，反而直接击杀了雄穆托，将它的脑袋咬了下来。
雌穆托见状，悲鸣一声，就飞了起来，逃向了东南方天际。
军方领导见它要逃跑，也顾不上等核弹了，立即下达了攻击指示。
一个战斗机群组追赶了上去，发射了导弹轰击雌穆托。
但导弹对雌穆托并没有造成多大的伤害，而雌穆托的电磁脉冲则直接让战斗机失去了控制，从空中落下，纷纷坠毁，只有战斗机驾驶员跳伞存活了下来。
雌穆托逃脱，哥斯拉愤怒的冲着天空吼叫了声，将其余几个发电机组的燃料棒全部吞吃，然后向着雌穆托逃离的方向追了过去。
军方领导再次拍出了两个战斗机群组，分别跟踪穆托和哥斯拉的位置，提供详细数据。
但在看到地图上雌穆托的飞行，军方领导却发现，它飞行的方向，正好是运送核弹的运输机飞来的方向。
军方领导猜到到了它的意图，马上向运输机发出警告。
但警告已经晚了，运输机已经进入了雌穆托的视野。
雌穆托击落了运输机，并且把其中的核弹取了出来，咬着核弹，向着京都东市的方向飞了过去，并且降落在了市区里。
因为穆托的电磁脉冲可以干扰核弹的引爆装置，运来的核弹被改造成了传统倒数器控制，而核弹设置的最迟引爆时