设六科。
设立枢密院，以枢密使为正，枢密副使为辅，同知枢密院事为佐之。
以平西将军、雍州刺史沈玉为枢密使，晋大将军，封广平郡公。
以平东将军诸葛侃、汉中太守田洛、朱谌为枢密副使。
晋诸葛侃为大司马，封北平郡公，田洛为骠骑将军，封范阳郡公，朱谌为前将军，封襄阳郡公，以酬其功。
镇南将军刘裕进征南将军，封博陆侯，晋破虏将军、雍州司马郑略为安西将军，封敦煌郡公，二人为同知枢密院事。
设立三司使司，下辖盐铁酒铁、商业、河道漕运、关税、农税等，以军师祭酒郭裳为第一任三司使。
另以大司马功曹徐泽之为永嘉太守，防范徐道覆。
以大司马从事中郎桓肃之为洛阳令。
其余文武，依次以功勋进爵加官。