阿尔通阿，三子扎萨克图商议，图谋另立门户，与兄长分庭抗礼。
舒尔哈齐带着几个儿子和少数部下来到了铁岭东南的黑扯木，在那里伐木建造房屋，开辟新的根据地。
舒尔哈齐开始与努尔哈赤越来越疏远，与明朝越来越靠近了。
李成梁看到这一分化女真的大好机会，于是火上浇油，上奏朝廷册封舒尔哈齐为建州右卫首领。
努尔哈赤首先是责令舒尔哈齐放弃自立为王的念头，在劝说无效的情况下，他果断采取了强硬措施。
万历三十七年（1609年）三月，舒尔哈齐的两个儿子阿尔通阿、扎萨克图被努尔哈赤诛杀，部将武尔坤也被处死。
面对兄长咄咄逼人的态度，舒尔哈齐失去了继续抗争的勇气。他知道自己的实力远远不如兄长，而且他所指望的靠山明军，也处在岌岌可危自身难保的境地，根本不是努尔哈赤的对手。
在万念俱灰的绝望处境下，舒尔哈齐心不甘情不愿地回到了兄长的帐下。
但是这次努尔哈赤并没有因为兄弟情谊放他一马，而是将他囚禁在暗室之中，用铁锁锁住，仅留两个孔穴给他送食物维持生命。
万历三十九年（1611年）八月十九日，舒尔哈齐在囚禁中死去，时年四十八岁。
怎么死的，史书上并没有讲。
还能怎么死呢？君要臣死，臣不得不死呗。
尽管这个君是跟他一起出生入死打江山的哥哥。